Все просто – нужно залезть в реестр и поменять в ветках

HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders

значения параметра Desktop там и там на нужные (к примеру, D:\Desktop\user).

UPD: Сейчас попробовал перенести свой профиль с диска C на D. Нужно было добавить переменную окружения USERPROFILE, вот здесь: Свойства Моего компьютера – Дополнительно – Переменные среды, добавить вверху USERPROFILE установить значение D:\user. Аналогично прописать значения в папке реестра Shell Folders. Файл NTUSER.DAT, который хранит пользовательскую ветку реестра, похоже, переместить невозможно. И некоторые папки создаются вновь после перезагрузки (например Local Settings, Temp и др.). Так что какая-то часть профиля все равно остается на С. Однако, к примеру, настройки Firefox перенеслись 🙂